Forschungseinheit für Pädiatrische Schlafmedizin (ab 01.10.2005)
Leiter: Univ.-Prof. Dr. R. Kerbl

Forschungseinheit für Spätfolgen und Rehabilitation nach onkologischen Erkrankungen (ab 01.10.2005)
Leiter: Univ.-Prof. Dr. H. Lackner

Forschungseinheit für osteologische Grundlagenforschung und analytische Massenspektrometrie (ab 01.11.2005)
Leiter: Univ.-Prof. Dr. HJ. Leis

Forschungseinheit für Infektiologie und Vakzinologie (ab 01.05.2006)
Leiter: Univ.-Prof. Dr. W. Zenz

Forschungseinheit für zerebrale Entwicklung und Oximetrie Research (Research Unit for Cerebral Development und Oximetry) (ab 01.07.2006)
Leiter: Univ.-Prof. Dr. B. Urlesberger

Forschungseinheit für immunologische und molekulare Grundlagen kindlicher Immundefekte (Research unit for immunologic und molecular biological basics of immunodeficiencies in children) (ab 01.09.2006)
Leiter: Univ.-Prof. Dr. W. Schwinger

Forschungseinheit für neonatale Infektionserkrankungen und Epidemiologie (Research Unit for Neonatal Infecitious Diseases and Epidemiology) (ab 01.01.2008)
Leiter: Univ.-Prof. Dr. Bernhard Resch