Entsprechend ihrer Einbettung in die Universitätsklinik für Kinder- und Jugendheilkunde hat die Klinische Abteilung eine duale Aufgabenstellung: 

Einerseits versorgt sie im Sinne einer "Secondary Care Einheit" diverse aus dem Einzugsbereich der Klinik kommende respiratorische und allergische Akuterkrankungen. Andererseits ist sie universitäre "Tertiary Care Einheit" und dient damit als letzte Instanz in der Versorgung von Patienten mit schwierigen und chronischen Erkrankungen. Die relative Gewichtung dieser beiden Aufgaben fluktuiert entsprechend den aktuellen Anforderungen. Der Rolle als universitäres Zentrum entsprechend wird diese Patientenversorgung durch klinische Forschung sowie durch Lehre auf verschiedensten Ebenen ergänzt. 

Im Bereich der Patientenversorgung wird einerseits ein Spektrum von Akuterkrankungen betreut; diese sind: Diverse Pneumonieformen, obstruktive Bronchitis und Bronchiolitis, Laryngitis und Laryngeotracheobronchitis, akutes Asthma, Aspirationen, akute allergische Reaktionen, Insektenstiche u.a.m.

Im Bereich der chronischen Erkrankungen sind dies: Mukoviszidose (Cystische Fibrose), schwere und komplizierte Asthmaformen, Lungenmissbildungen, diverse seltene chronische Lungenerkrankungen, Missbildungen der oberen Luftwege, Langzeittracheostomie, Langzeit-Heimbeatmung, Neurodermitis und andere chronische allergische Erkrankungen. Diese Patientenversorgung erfolgt mit einem Spektrum von spezialisierten und zeitgemäßen diagnostischen und therapeutischen Methoden, welche mit Ausnahme der Radiologie in der Abteilung selbst zur Verfügung stehen.

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